Theo đó hiện nay, nếu khách hàng muốn sử dụng các tính năng của phần mềm này để kiểm tra, đánh giá mức độ bảo mật của website mà họ sở hữu, thì phải thanh toán một khoản tiền (tháng/quý/năm) theo thỏa thuận trong hợp đồng. Sau đó, Công ty CS Việt Nam sẽ cấp tài khoản để khách hàng toàn quyền sử dụng các tính năng của phần mềm thông qua mạng internet. 

 

Trong trường hợp này, cần xác định rõ hoạt động sản xuất phần mềm của Công ty CS Việt Nam đã hội đủ điều kiện để xem là sản xuất sản phẩm phần mềm. Cụ thể là, đã đáp ứng các yêu cầu pháp lý như: sản phẩm thuộc danh mục phần mềm quy định tại Phụ lục 01 -Thông tư 09/2013/TT-BTTTT; đã thực hiện đúng quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm theo quy định tại Điều 5, Thông tư 16/2014/TT-BTTTT của Bộ Thông tin và Truyền thông.      

 

Sau khi đã sản xuất ra sản phẩm phần mềm, Công ty CS có ba hướng hoạt động kinh doanh (có thể chọn một trong ba hoặc chọn cả ba). Một là, Công ty hoàn chỉnh phần mềm để trở thành phần mềm đóng gói, được đăng ký thương hiệu (C. Platform) và nhân bản hàng loạt để bán sản phẩm ra thị trường. Trong trường hợp này, Công ty CS đang có doanh thu từ hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm và chính sách thuế GTGT, TNDN sẽ áp dụng đúng lĩnh vực hoạt động đó. Cụ thể, nếu tiêu thụ trong nước, thì là đối tượng không chịu thuế GTGT (theo Điểm 21, Điều 4, Thông tư 219/2013/TT-BTC). Do đó, công ty không được khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào để sản xuất ra sản phẩm đó. Nếu xuất khẩu ra nước ngoài, thì chịu thuế suất GTGT=0%. Do đó, công ty được khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào để sản xuất ra sản phẩm. Nếu DN mới thành lập thì được ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN đối với hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm (Điều 19, Thông tư 78/2014 áp dụng đến hết năm 2017).

 

Hai là, Công ty bán bản quyền phần mềm cho DN khác. Trong trường hợp này, DN đang có thu nhập từ tiền bản quyền và chính sách thuế GTGT và TNDN phải áp dụng đúng lĩnh vực hoạt động. Cụ thể là, doanh thu bán bản quyền thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (Điều 4, khoản 21, Thông tư 219/2013- đã chỉnh sửa, bổ sung đến 2017). Thu nhập từ tiền bản quyền là thu nhập khác, chịu thuế suất thuế TNDN 20% (Điều 7, khoản 4, Thông tư 78/2014- đã chỉnh sửa đến 2017). Trong đó, thu nhập từ tiền bản quyền sở hữu trí tuệ (SHTT) được xác định bằng tổng số tiền thu được trừ (-) giá vốn hoặc chi phí tạo ra quyền SHTT, trừ (-) chi phí duy trì, nâng cấp, phát triển quyền SHTT và các khoản chi được trừ khác.

 

Cần lưu ý, chỉ khi DN cho phép tổ chức, cá nhân khác sử dụng có thời hạn, một trong bảy quyền sau và bằng một hợp đồng, thì số tiền thu mới được gọi là tiền bán bản quyền. Bảy quyền đó là: quyền công bố tác phẩm hoặc cho phép người khác công bố tác phẩm; quyền làm tác phẩm phái sinh; quyền biểu diễn tác phẩm trước công chúng; quyền sao chép tác phẩm; quyền phân phối, nhập khẩu bản gốc hoặc bản sao tác phẩm; quyền truyền đạt tác phẩm đến công chúng bằng phương tiện hữu tuyến, vô tuyến, mạng thông tin điện tử hoặc bất kỳ phương tiện kỹ thuật nào khác; quyền cho thuê bản gốc hoặc bản sao tác phẩm điện ảnh, chương trình máy tính.)

 

Ba là, Công ty không bán sản phẩm phần mềm đóng gói mà bán dịch vụ dựa trên phần mềm. Đây là mô hình kinh doanh được gọi tên tiếng Anh là Software as a service (SAAS). Theo đó, hoạt động cung cấp dịch vụ dựa trên phần mềm này không chịu thuế GTGT nhưng cũng không có chế độ ưu đãi thuế TNDN.