Hồ sơ cấp giấy phép vệ sinh an toàn thực phẩm gồm:

1. Đơn đề nghị cấp Giấy chứng nhận 

2. Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp có ngành nghề phù hợp với loại thực phẩm của cơ sở sản xuất (có xác nhận của cơ sở).

3. Giấy chứng nhận đã được tập huấn kiến thức  an toàn thực phẩm/Giấy xác nhận kiến thức an toàn thực phẩm của chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm (bản sao có xác nhận của cơ sở): 

• Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế và cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống: Danh sách đã được tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm có xác nhận của chủ cơ sở.
• Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Công Thương và Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn: Giấy xác nhận kiến thức an toàn thực phẩm (bản sao có xác nhận của cơ sở)

4. Bản thuyết minh về cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ bảo đảm điều kiện an toàn thực phẩm (có xác nhận của cơ sở), bao gồm:

• Bản thuyết minh về cơ sở vật chất; mô tả sản phẩm (nếu có)
• Bản kê trang thiết bị, dụng cụ của cơ sở; 
• Bản sơ đồ mặt bằng ( sơ đồ thiết kế của cơ sở)

5. Giấy xác nhận đủ sức khoẻ chủ cơ sở và của người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm, kinh doanh dịch vụ ăn uống do cơ sở y tế cấp huyện trở lên cấp.

• Đối với cơ sở dưới 30 người: Nộp bản sao giấy xác nhận (Có xác nhận của cơ sở); 
• Đối với cơ sở từ 30 người trở lên: Nộp danh sách kết quả khám sức khoẻ của chủ cơ sở và của người tham gia trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm, kinh doanh dịch vụ ăn uống(Có xác nhận của cơ sở).

Bước 2: Trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Ban Quản lý An toàn thực phẩm kiểm tra hồ sơ. Nếu hồ sơ chưa hợp lệ, có văn bản gửi cho cơ sở bổ sung và hoàn chỉnh hồ sơ.

Bước 3: Trường hợp không có yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ, trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ thì Ban Quản lý An toàn thực phẩm thành lập đoàn thẩm định và lập Biên bản thẩm định theo mẫu quy định. 

• Trường hợp kết quả thẩm định đạt yêu cầu: trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày có kết quả thẩm định, Ban Quản lý An toàn thực phẩm  cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm.  
• Trường hợp kết quả thẩm định chưa đạt yêu cầu và có thể khắc phục, đoàn thẩm định phải ghi rõ nội dung, yêu cầu và thời gian khắc phục vào Biên bản thẩm định với thời hạn khắc phục không quá 30 ngày.

Sau khi có báo cáo kết quả khắc phục của cơ sở, trong thời hạn 05 ngày làm việc, Đoàn thẩm định đánh giá kết quả khắc phục và ghi kết luận vào biên bản thẩm định. Trường hợp kết quả khắc phục đạt yêu cầu sẽ được cấp Giấy chứng nhận theo quy định.  Trường hợp kết quả khắc phục không đạt yêu cầu thì Ban Quản lý An toàn thực phẩm thông báo kết quả thẩm định cơ sở không đạt yêu cầu bằng văn bản cho cơ sở và cho cơ quan quản lý địa phương giám sát và yêu cầu cơ sở không được hoạt động cho đến khi được cấp Giấy chứng nhận.

Bước 4. Trả Giấy chứng nhận cho cơ sở.

III. THẨM QUYỀN CẤP GIẤY CHỨNG NHẬN VỆ SINH AN TOÀN THỰC PHẨM

Theo quy định hiện hành thì có các cơ quan chịu trách nhiệm quản lý và cấp Giấy chứng nhận vệ sinh an toàn thực phẩm là: Bộ Y Tế, Sở Y tế, Bộ Công Thương (Vụ Khoa học và Công nghệ), Sở Công thương, Bộ Nông Nghiệp và phát triển nông thôn (Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản).

Việc này gây nhiều khó khăn cho người xin giấy phép khi phải xác định cơ quan cấp Giấy phép. Vì vậy, cần căn cứ vào ngành nghề sản xuất, kinh doanh của cơ sở, sau đó đối chiếu với danh mục quản lý của từng bộ để xác định cơ quan cấp chứng nhận cho mình.